A devoção dos navegantinos a Nossa Senhora dos Navegantes, mãe de Jesus Cristo, é secular. E continua profundamente arraigada na lembrança, no coração e na fé deste heroico povo que emergiu de uma situação infra desenvolvida para uma comunidade próspera. Vamos relembrar um pouco da história da presença de Nossa Senhora durante os 119 anos que ela está entre nós a nos proteger, iluminar e guiar.

A localidade de Navegantes, bem como Itajaí e arredores, era primitivamente habitada por índios Carijós. A chegada do primeiro homem branco no Vale do Itajaí, João Dias de Arzão, deu-se em 1658. As terras férteis, as matas de ricas madeiras e as águas piscosas do rio e do mar atraíram imigrantes portugueses, açorianos e colonos aventureiros.

Por volta de 1850, o pequeno povoado onde hoje se instala o município de Navegantes ainda não possuía um templo que reunisse as famílias para rezar e expressavam sua fé fazendo orações, reza do terço, novenas, cantos, procissões e até fandangos em suas casas homenageando Santo Amaro e São Sebastião. Eram encontros de muita fé e fraternidade e a população era pouco numerosa. Em 1895, manifestaram o desejo de possuir uma capela e uma devota, Sra. Maria Rita, esposa de Antônio Cardoso Sacavém, com insistência, conseguiu que o marido doasse um terreno nas imediações do ponto de desembarque da passagem, para que ali fosse erguida uma capelinha.

Uma comissão solicita ao Bispo de Curitiba  permissão para a construção que foi concedida em 1896 e determinava que a nova capela seria erguida sob a invocação de Nossa Senhora dos Navegantes, São Sebastião e Santo Amaro, justificando que Santo Amaro e São Sebastião eram da devoção dos primeiros habitantes e Nossa Senhora dos Navegantes seria a protetora dos marítimos e pescadores que constituíam a principal profissão exercida no arraial.

Uma bela imagem de Nossa Senhora foi trazida em uma embarcação por um pescador devoto, de nome Manoel Galego, e foi recebida pelos moradores com grandes festejos, o que passou a se repetir todos anos, na mesma data. As obras iniciaram em 1897 e a capela inaugurada em 2 de fevereiro de 1898. Os padres vinham de Itajaí em ocasiões especiais para celebrar e ministrar Sacramentos. Até início dos anos 60 em Navegantes não havia agências bancárias, ruas calçadas, médicos, televisão.

A atual Matriz teve seu início no dia 8 de novembro de 1959 com a bênção da Pedra Fundamental e foi oficialmente inaugurada em 26 de agosto de 1962 quando é criada a Paróquia de Nossa Senhora dos Navegantes por Carta-Decreto de Dom Joaquim Domingues de Oliveira, Arcebispo Metropolitano da Arquidiocese de Florianópolis e a cidade foi elevada à categoria de Município. 

Posteriormente, em 1996, no ano do centenário da chegada da imagem, após incansável empenho de Pe. Alvino Broering, a Igreja Matriz é elevada à condição de Santuário por Decreto do Arcebispo Metropolitano D. Eusébio Oscar Scheid em 18 de agosto e o citado sacerdote recebe o título de 1º Reitor.

Os Padres que aqui exerceram seu ministério foram: Gilberto Luiz Gonzaga (1962/...); Valdir Staehelin (1971-1983); Hélio da Cunha (1983-1989); Alvino Broering (1989-1998); Idonizete Kruger (1998- 2001); Lauro Nunes (2002-2008); Antonio Leite Barbosa Filho (abril 2008- fev 2009); Paulo Sérgio Marques (2009-2012); Fabian Marcelo Capistrano (2012-2015); Marcos Antônio Zimmermann (2015-2019).

Eduardo Batos, atual Pároco e Reitor.